W Zarządzie Transportu Miejskiego funkcjonuje System Zarządzania Jakością. Po przeprowadzeniu w czerwcu 2017 r. przez Polskie Centrum Badań i Certyfikacji pierwszego audytu oraz potwierdzeniu zgodności z wymaganiami Normy PN-EN ISO 9001:2015, ZTM uzyskał certyfikat Systemu Zarządzania Jakością. W listopadzie 2020 r. certyfikat został pomyślnie odnowiony i aktualnie obowiązuje do 22 czerwca 2023 roku.
Zakres certyfikacji obejmuje 2 kluczowe procesy ZTM: Organizacja i nadzór nad realizacją usług przewozowych oraz Obsługa Pasażerów, jak również Przewóz Pasażerów – proces zewnętrzny nadzorowany przez ZTM w ramach Systemu Zarządzania Jakością.
Nadrzędnym celem Zarządu Transportu Miejskiego jest dążenie do zwiększenia zadowolenia Pasażerów korzystających z komunikacji miejskiej. Priorytety, którymi kieruje się ZTM przy wyznaczaniu strategicznych kierunków i celów jakościowych, znajdują się w Polityce Jakości. Dokument ten, podpisany przez Dyrekcję Zarządu Transportu Miejskiego, zawiera także zobowiązanie wszystkich pracowników ZTM do ciągłego doskonalenia Systemu Zarządzania Jakością.